La ligne de commande permet plus de choses. Si on en parle autant aux débutants, c'est surtout pour une raison: il est plus facile de dire à quelqu'un de recopier une commande, que de le guider dans 36 menus que l'on ne retient pas forcément.
Ensuite des tâches du genre "changer le nom de mes 200 photos", ou "installer le logiciel toto", c'est le genre de choses que je fais en ligne de commandes pare que, justement, c'est beaucoup plus rapide qu'avec une interface graphique.
En général, tout ce qui est "traitement par lots", c'est à dire agir sur de nombreux fichier pour effectuer la même modification sur chacun est sans conteste plus rapide en ligne de commande.
Ensuite, dis toi qu'avec un terminal de lancé, tu peux lancer n'importe quelle application graphique, et n'importe quelle commande. Donc tu as toujours accès aux deux. Dans certains cas, l'utilisation de la ligne de commande est aussi plus rapide.
Exemple: pour installer le logiciel GIMP sous mandriva, je dois passer par le centre de contrôle, aller dans la section des logiciels, trouver GIMP dans les catégories ou en le recherchant par nom, et enfin l'installer.
En ligne de commande, je tape "urpmi gimp". Non seulement je n'ai que deux mots à taper (plus facile à se rappeler), mais en plus, vu que je ne charge pas d'interface graphique spécifique, j'ai plus de mémoire de libre, donc cela va un peu plus vite, ou laisse de la mémoire libre à d'autres applications.
La ligne de commande est aussi très forte dans l'automatisation, domaine dans lequel l'interface graphique est très mauvaise. Il me semble qu'il existait dans Windows 3.1 un enregistreur de macros qui enregistrait les actions de la souris pour les rejouer, mais celui ci a été supprimé dans les versions suivantes de Windows. Dommage, l'idée était bonne.
Donc en gros, en ligne de commande tu peux *tout* faire.
Le seul cas où je préfère largement les applications graphiques, c'est pour une application que je ne connais pas, et que je n'ai pas envie de me taper la lecture de 2 pages de manuel pour savoir quelles fonctions de base possède le logiciel. L'utilisation de l'interface graphique est meilleure pour la découverte des fonctionnalités, et parfois complètement suffisante selon les utilisations (je n'ai jamais gravé de CD en ligne de commande par exemple). Par contre dès que tu as un usage régulier et plus avancé (donc plus exigeant), l'interface graphique devient limitante, et c'est à ce moment que tu dégaines ta ligne de commande.